Побоючися сильної гетьманської влади як такої, старшина три місяці зволікала з виборами наступника Многогрішного. Водночас вона звернулася до царя з пропозицією обмежити гетьманські прерогативи. Москва лише на це й чекала. Так, коли у 1672 р. гетьманом обрали Самойловича, йому поставили умови не судити й не карати представників старшини, а також не вступати у зовнішні зносини, не проконсультувавшись із старшинською радою. До того ж нового гетьмана примусили розпустити загони компанійців, що, за традицією, підкорялися безпосередньо йому. Нав'язуючи ці умови, старшина поширювала свій і без того відчутний вплив, але здійснювалося це шляхом підриву влади гетьманів, а відтак і української автономії.

Син священика, Самойлович до вступу у Військо Запорозьке досяг значних успіхів, навчаючись у Київській академії. Протягом майже всього свого гетьманування він намагався підтримувати добрі стосунки зі старшиною. Він щедро роздавав їй землі, а також створив корпус так званих значкових військових товаришів — молодших офіцерів, переважно синів старшини, що стали частиною гетьманського оточення й діставали спеціальні доручення, готуючись зайняти посади, звільнені батьками. Створенням цього корпусу Самойлович сприяв формуванню старшинських династій на Лівобережжі.

У зовнішній політиці Самойлович, як і всі гетьмани, намагався поширити свою владу на всю Україну. Він посилив контроль над бунтівливими запорожцями і в 1676 р. разом із російським військом відважно повів свої полки, щоб вигнати з Правобережжя турків та Дорошенка. Чи не найщасливіший момент у кар'єрі Самойловича настав, коли Дорошенко урочисто склав перед ним гетьманську булаву, після чого він став величати себе «гетьманом обох берегів Дніпра». Проте через два роки турки витіснили Самойловича з його російськими союзниками з Правобережжя. Залишаючи ці землі, Самойлович організував масовий вихід правобережного населення на Лівий берег. Унаслідок цього первинна батьківщина козацтва практично знелюдніла.

Новим ударом по надіях Самойловича об'єднати Україну стало підписання у 1686 р. так званого «Вічного миру» між поляками та росіянами. За ним Київ і землі Війська Запорозького переходили під постійний суверенітет царя. Все ж попри всі звернені до Москви протести гетьмана проти передання полякам Правобережжя та Східної Галичини (Руського воєводства), що по праву належали українцям, ці землі лишалися під зверхністю Польщі. Невдоволений московською політикою, Самойлович неохоче приєднався до грандіозного походу на Крим, що його у 1686 р. організували росіяни. Хоч у ньому брало участь понад 100 тис. росіян і майже 50 тис. козаків, брак підготовки й тяжкі природні умови призвели до провалу цієї акції та великих втрат. Вороже настроєні представники старшини звинуватили Самойловича в тому, ніби він незаконним шляхом збагатив себе й свою родину, а російські воєводи звалили на нього вину за провал походу, внаслідок чого у 1687 р. Самойловича скинули й заслали до Сибіру.

Джерело: Козацькі вожді, гетьмани, кошові // Історія української культури.